Franz Hopper creó Lyoko, verdadera ingeniería informática y antiguo profesor al órgano colegiado Kadic.
En los años setenta, participó en el Proyecto Cartago, sin demasiado saber en que se comprometía... Dan prueba las fotografías del lo genérico de final de la temporada 2.
Incluyó más tarde que el proyecto Cartago era en realidad un programa militar destinado a bloquear las comunicaciones enemigas. Debía pues tener la capacidad de obrar recíprocamente con las redes de comunicación terrestres, como lo hacen las vueltas con la red eléctrica.
Esta idea desagradó tanto a Franz que abandonó el proyecto en los años 1990 Ocultado en su laboratorio, él construye entonces el supercalculador, luego creó a Lyoko. Por último, programó XANA, para que destruyera Cartago.
Pero un día, Franz comenzó a sentirse observado. "algún me espía... algún uno que quiere eliminarme..."
Intentó entonces destruir el superordenador y suprimir todo rastro de sus actividades clandestinas. Es entonces descubrió "una de las propiedades más fascinantes" del superordenador: la vuelta anteriormente. Esto le dio todo el tiempo del que tenía necesidad para poner a punto su "gran proyecto", que representa para la única solución de escapársele a sus enemigos. Estos "enemigos" que son probablemente los famosos hombres en negro que vemos en los últimos episodios y en los flash-back de Aelita.
El 2546 día, todo era final préstamo: Franz había terminado los escáneres y los programas de virtualizacion, y se preparaba a volverse sobre Lyoko con su hija, Aelita. Ambos tendrían las "claves" de Lyoko y serían los amos absolutos.
Pero ese día, los hombres en negro terminaron por encontrarlo, el amable a huir sobre Lyoko con Aelita mas précipitadamete de loprevisto.
A continuación... no se sabe demasiado lo que pasó.
Franz, por una razón cualquiera, perdió el control de XANA. La inteligencia artificial lo hizo prisionero en alguna parte sobre Lyoko luego se tomó a Aelita, queriendo robar su memoria con el fin de recuperar las claves de Lyoko y evadirse del superordenador.
Al final de la temporada 2, XANA consiguió apoderarse de la totalidad de la memoria de Aelita y se escapa. Franz eleva entonces ayuda a su hija y lo salva. Pero no se sabe siempre dónde se tiene a preso...
Version por temporadas
La primera temporada de la serie tiene poco desarrollo, haciéndose las verdaderas revelaciones en los últimos capítulos de la misma. El resto de los episodios son "de relleno" ya que en cada uno de ellos el grupo de amigos descubre un intento de ataque de XANA, luchan contra él, lo detienen y regresan en el tiempo.
Como complemento para evitar la monotonía de la saga, se incluyen relaciones entre los protagonistas y otros estudiantes y profesores de la escuela, con sus padres, familiares, etc. Durante todo esto, Jeremie trabaja en un programa para "materializar" (transportarla desde el mundo virtual hasta el suyo) a Aelita y así poder apagar el superordenador para olvidarse de XANA. Al final de la temporada, Jeremie logra su objetivo pero XANA infecta a Aelita para que siga ligada a Lyoko y no puedan así apagar la supercomputadora.
La segunda temporada, en contraste con la primera, es más enfocada
La animación es más realista y detallada y la personalidad de algunos personajes cambian. Al comienzo de esta porción de la serie, Aelita vive en la tierra y llega al internado bajo el nombre de Aelita Stones, presentándose como una supuesta prima de Odd.
Aelita comienza a tener visiones de una vida que ella supuestamente nunca vivió y descubren a una persona llamada Franz Hopper que podría tener conexión con Lyoko. Además, descubren un quinto sector en Lyoko que es donde habita XANA y por el cual pueden llegar hasta sus datos.
Mientras tanto, XANA crea y envía un monstruo llamado Scyphozoa para robar la memoria de Aelita. Finalmente, se revela que Aelita es hija de Franz Hopper y que su nombre verdadero es Aelita Schaeffer.
En la tercera temporada, XANA logra poseer a Aelita y le ordena que borra todos los sectores menos el número cinco, donde él habita. A pesar de que el grupo de amigos trata de impedirlo, XANA tiene éxito en su operación. Sin embargo, después de todo, Jeremie frustra los planes de la entidad maligna encontrando un método por el cual ingresar al sector cinco sin necesidad de hacerlo por medio de otro sector.
Considerando que XANA ahora es más poderoso que antes, el grupo decide agregar a William Dunbar al equipo. Esto resulta ser un error desastroso ya que Scyphozoa logra poseerlo y XANA consigue inutilizar la supercomputadora y, supuestamente, también destruye Lyoko. Dentro de la máquina vacía e inútil, William se transforma en una versión oscura de sí.
En esta temporada Aelita ya es libre, por lo que sin Lyoko puede permanecer viva de todos modos. Sin embargo, la destrucción del mundo virtual obstruiría las posibilidades de que pueda conocer a Franz Hopper, su padre, pero increíblemente Jeremie recibe un mensaje cifrado de esta persona a través de Internet que demuestra que no todo está perdido.
En la cuarta temporada, se revela que Lyoko no fue destruído completamente. Jeremie y Aelita intentan restaurar el sector cinco y logran continuar el seguimiento de XANA.
El grupo tiene nuevos uniformes y armas más potentes. Viajando en el mar digital con un buque sumergible creado por Jeremie, el grupo se encuentra una serie de "Réplikas" que recrean a Lyoko. Cada una de estas réplikas es controlada por otra supercomputadora a su vez controlada por XANA. Jeremie crea una forma de materializar sus amigos en el sitio en la Tierra de estos superordenadores con sus capacidades intactas. Mientras tanto continúan combatiendo a William y en el episodio 93 logran que vuelva a la normalidad.
Franz Hopper es destruído segundos antes de que Aelita pudiera acabar con XANA. La temporada acaba cuando cada uno habla sobre sus mejores recuerdos antes de desactivar el superordenador.
